Кристофър Лий е роден на 27 май 1922 г. в Белгравия, Лондон[8] в семейството на подполковник Джефри Лий и контеса Естел Мария Карандини де Сарзано.[9][10] Майка му е всепризната със своята красота и е модел за много картини и скулптури на велики художници и скулптори от тази епоха.[11] Прадядото по майчина линия на Кристофър Лий е италиански политически бежанец, а прабаба му е оперната певица Мария Карандини.
През 1926 г. родителите му се разделят, след което Кристофър, сестра му и майка му се преместват да живеят в Швейцария. След като се записва да учи в академията „мис Фишер“, Лий изиграва и първата си роля – на злодея Румпелщилцхен в училищна постановка. По-късно семейството се завръща в Англия, където Лий учи старогръцки и латински език в „Уелингтън Колидж“ в графство Бъркшър.[12] След като се дипломира, работи като чиновник в различни лондонски корабни компании.[13]
През 1961 г. Кристофър Лий се жени за бившия датски модел Бригит Крьонке (Birgit Krøncke). Двамата имат дъщеря на име Кристина Ерика Карандини Лий, която е омъжена за Хуан Франциско Анейрос Родригес.[14] Лий е чичо на британската актриса Дейм Хариет Уолтър,[11] братовчед на Иън Флеминг (автор на шпионските романи за „Джеймс Бонд“), далечен роднина на генерал Робърт Лий и астронома Джон Лий.[15][16]
