Kонтролира достъпа до железопътната инфраструктура и изпълнението на задълженията за обществени услуги.
Проверява изпълнението на изискванията за издаване на лицензии и разрешения.
Събира такси за издаване на лицензиите и разрешенията, както и за издаване на удостоверения за безопасност, документи за правоспособност и за признаване на правоспособност и удостоверения за консултанти по сигурността на превозите на опасни товари, в размер, определен от Министерския съвет по предложение на министъра на транспорта, информационните технологии и съобщенията.
Издава документи за правоспособност на персонала в железопътния транспорт.
Води регистри и набира статистически данни за дейностите в железопътния транспорт.
Разработва и предлага на министъра на транспорта, информационните технологии и съобщенията проекти на нормативни актове в областта на железопътния транспорт.
Осъществява контролни функции по този закон, включително по отношение въвеждането в експлоатация на структурни подсистеми на железопътната система.
Предлага на министъра на транспорта, информационните технологии и съобщенията за одобряване мерки за предотвратяване и преодоляване на последиците от бедствия и аварии, засегнали железопътната инфраструктура.
Съгласува проектите за пресичане на железопътните линии от железопътната инфраструктура с пътищата от републиканската пътна мрежа, местните пътища, улиците, тръбопроводите, кабелните и въздушните високоволтови и нисковолтови линии и други, както и проектите за свързване на железопътните линии от железопътната инфраструктура.
Изпълнява и други функции, възложени ѝ със закон или с акт на Министерския съвет.
Такси и приходи
Агенцията е администратор на следните приходи:
Такси за издаване на документи и за извършване на административни услуги, определени в Тарифа № 5 за таксите, които се събират в системата на Министерството на транспорта, приета с Постановление № 81 на Министерския съвет от 2000 г. (обн., ДВ, бр. 41 от 2000 г.; попр., бр. 54 от 2000 г., изм. и доп., бр. 97 от 2000 г., бр. 18, 47, 62 и 104 от 2001 г.)
Глоби и имуществени санкции по Закона за железопътния транспорт
Лихви
Дарения, помощи и други привлечени средства от местни и чуждестранни физически и юридически лица