Архивът в Прилеп е създаден през 1955 г. Подразделението работи в стара адаптирана за нуждите на архива сграда с достроено депо, което поради недостатъчно средства не е довършено.
Работа на подразделението
Подразделението в Прилеп разполага с 540 фонда и 7 колекции. Работи със 188 притежатели на архивни материали. По-голямата част от архивния материал се отнася до периода след 1944 г. Първоначалните опити за организирано събиране и защита на архивни материали започват след 1944 година. При събирателската дейност до формирането на подразделението в Прилеп, архивите се съхраняват в Народния музей в Прилеп, в чийто рамки е било архивното отделение.[1]