През 1908 г. група колумбийски студенти, завръщащи се от Европа, сформират футболния отбор ФК Кали и така поставят началото на футболните традиции в града. През 1912 г. те реорганизират отбора и го прекръстват на Депортиво Кали. От края на 20-те години на 20 век тимът представлява департамент Вале дел Каука във футболния турнир на Колумбийските Олимпийски игри, печелейки титлите между 1928 и 1930 г. През 1948 г. Депортиво Кали участва в дебютния сезон на професионалния шампионат Категория Примера А, завършвайки на осмо място от десет отбора.
Златните години на отбора са между средата на 60-те и края на 70-те години. В рамките на само девет години, между 1965 и 1974 г., Депортиво Кали играе седем финала за първенство, печелейки в тях пет от общо осемте си шампионски титли. През сезон 1962/1963 отбърът печели и Купата на Колумбия, а през 1978 г. се превръща в първия колумбийски тим, достигнал финал за Копа Судамерикана, в който губи от Бока Хуниорс. До края на 70-те следват още четири загубени финала в първенство само за пет години. Впоследствие успехите за Депортиво Кали идват все по-рядко, а местният враг Америка де Кали поема щафетата като най-добър отбор в града, печелейки осем титли между 1978 и 1990 г., сред които пет поредни и две срещу Депортиво Кали. Първата шампионска титла за Депортиво идва 22 години след последната от 1974 г. и дава началото на нови силни години за отбора, който до края на 90-те печели още една титла и играе втори финал за Копа Либертадорес, този път загубен срещу Палмейрас.
От началото на 21 век Депортиво Кали отново се представя по-скоро слабо и въпреки че печели още една титла, губи два финала срещу непретенциозни отбори като Депортес Толима и Депортиво Пасто.
Дербита
Враждата между двата най-силни отбора от Кали Депортиво Кали и Америка де Кали датира още от 1931 г., когато е изиграно първото дерби. То е известно като Класико Валекаукано или Западното класико. От 2011 г. насам двата тима могат да изправят един срещу друг само в турнира за Купата на Колумбия, защото оттогава Америка де Кали играе във втора дивизия. Към средата на март 2012 г. са изиграли общо 301 дербита във всички турнири, като Депортиво има 114 победи, 91 загуби и 96 равенства.
Класико аниехо се наричат мачовете между Депортиво Кали и Мийонариос. Съперничеството им се дължи на факта, че двата отбора са водачи във вечното класиране на колумбийското първенство и са се изправяли един срещу друг в 11 финала. Към средата на октомври 2014 г. са изграни 260 мача във всички турнири, като балансът на Депортиво е 99 победи, 90 загуби и 72 равенства.
