Роден е на 13 септември 1877 година в Берлин (по други данни в Байройт), Германия, в богато семейство. Израства в Мюнхен и 15-годишен постъпва в армейския кадетски корпус, след което служи в армията.
Експедиционна дейност (1900 – 1937)
Експедиции в Централна Азия (1900, 1903 – 1905)
През 1900 година Филхнер си взема тримесечна отпуска и с 300 марки в джоба осъществява скоростно преминаване през Памир.
Пътешествието в Памир прави Филхнер известен в Германия и през 1903 – 1905 година осъществява голяма експедиция в Китай и Североизточен Тибет, която вече е спонсорирана от правителството и много добре екипирана и оборудвана. По време на пътуването си извършва първите геомагнитни измервания в района на Синин и езерото Кукунор.
Експедиция в Антарктика (1911 – 1913)
След завръщането си от Китай Филхнер предлага програма за организиране на втора голяма германска експедиция до Антарктида след тази на Ерих фон Дригалски през 1901 – 1903 година. Постепенно програмата се оформя, намират се спонсори в лицето на правителството, частни предприемачи и организирана лотария. Като предварителна подготовка за сериозното начинание през 1908 и 1910 година провежда пробни плавания и изследвания до и около архипелага Шпицберген. Конкретните планове за експедицията са представени пред обществеността през март 1910 година в Берлин.
Корабът „Дойчланд“ потегля през май 1911 година от Бремерхафен, през октомври напуска Буенос Айрес и се отправя на юг към източната част на море Уедъл. През лятото (декември-март) на 1911 – 1912 година експедицията преодолява плаващите ледове и на 30 януари 1912 открива и изследва Брега Луитполд (28 – 35º з.д.) и втория по големина на Земята шелфов ледник Филхнер (542,5 хил. км2). На края на шелфовия ледник, на 77°44′ ю. ш.34°38′ з. д. / 77.733333° ю. ш.34.633333° з. д.-77.733333, -34.633333 е открит залива Ваксел, където е взето решение да се построи полярна станция. По време на строителството обаче, част от ледника се откъсва и строителството на станцията е изоставено. Поради настъпването на есента корабът се насочва на север, но не успява да се освободи от ледовете и на 9 март 1912 година, на 75°43′ ю. ш.32°19′ з. д. / 75.716667° ю. ш.32.316667° з. д.-75.716667, -32.316667, е затиснат в леден плен и започва принудително зимуване, което преминава благополучно.
По време на зимуването се провеждат комплексни научни изследвания в областта на океанографията, глациологията, хидрологията и метеорологията. Проведени са много важни изследвания относно движението на ледовете в централната част на морето, измерени са температурите на повърхностните и придънните земи и са получени първите данни за релефа на дъното в тази част на море Уедъл.
През декември 1912 година, на 63°37′ ю. ш.36°34′ з. д. / 63.616667° ю. ш.36.566667° з. д.-63.616667, -36.566667, „Дойчланд“ се освобождава от ледения плен и достига до остров Южна Джорджия и от там се завръща в Германия. Филхнер се надява, че през следващия летен сезон отново ще се върне в Антарктика, за да продължи изследванията си, но в Германия смятат, че плаването му е неуспешно и не са му отпуснати нови средства за следваща експедиция.
Нови експедиции в Централна Азия (1926 – 1937)
След успешното приключване на експедицията до Антарктида Филхнер насочва отново вниманието си към Централна Азия. През 1926 – 1928 година предприема второ пътешествие в Тибет като измерва земния магнетизъм по маршрута от Кулджа до Синин, а оттам до Лех в Кашмир.
През 1934 – 1937 година продължава измерванията като потегля от Синин, преминава по северните граници на Тибет през Черчен и Хотан, и отново стига до Лех.
Следващи години (1938 – 1957)
През 1939 – 1940 година извършва подобни изследвания в Непал и там го заварва Втората световна война. Интерниран е от британските власти в Патна, Индия, а от 13 септември 1941 до ноември 1946 година пребивава във военнопленнически лагер в щата Махаращра. След войната се завръща в Европа, живее в Цюрих и там умира на 7 май 1957 година на 79-годишна възраст.
Quer durch Spitzbergen, zusammen mit Heinrich Seelheim, Mittler und Sohn, Königl. Hofbuchhandlung, Berlin 1911
Zum sechsten Erdteil. Die zweite deutsche Südpolar-Expedition Ullstein Verlag, Berlin 1922
Tschung-Kue – Das Reich der Mitte – Alt-China vor dem Zusammenbruch Deutsche Buch-Gemeinschaft, Berlin 1924
Sturm über Asien. Erlebnisse eines diplomatischen Geheimagenten Neufeld & Henius Verlag, Berlin 1924
Quer durch Ost-Tibet Mittler und Sohn Buchdruckerei, Berlin 1925
Wetterleuchten im Osten. Erlebnisse eines diplomatischen Geheimagenten Peter J. Oestergaard Verlag, Berlin 1927
Hui-Hui – Asiens Islamkämpfe Peter J. Oestergaard Verlag, Berlin 1928
Om mani padme hum 1928 (erschienen in 27 Auflagen, über die Tibetexpedition 1926/28)
China Asiens Hochsteppen Ewiges Eis Herder&Co Verlagsbuchhandlung, Freiburg im Breisgau 1930
Kumbum Dschamba Ling. Das Kloster der hunderttausend Bilder Maitreyas. Ein Ausschnitt aus Leben und Lehre des heutigen Lamaismus Nach Beobachtungen während seiner Tibetexpedition 1926/28, in Kommission bei F.A. Brockhaus, Leipzig 1933
Bismillah! – Vom Huang-ho zum Indus F.A.Brockhaus, Leipzig 1938
Ein Forscherleben Eberhard Brockhaus, Wiesbaden 1950
In der Fieberhölle Nepals Eberhard Brockhaus, Wiesbaden 1951
Hindustan im Festgewand zusammen mit D. Shrîdhar Marâthe, Joseph Giesel Verlagsbuchhandlung, Celle 1953
Източници
Трешников, А. Ф., История открытия и исследования Антарктиды, М., 1963, стр. 117 – 118.