Средното си образование завършва в Хуманитарна гимназия „Св. св. Кирил и Методий“ – Велико Търново (1983), а висшето – във Великотърновския университет „Св. св. Кирил и Методий“ (1987) – специалност История (с педагогическа правоспособност), втора специалност Българска филология (с педагогическа правоспособност). В периода 1987 – 1990 г. работи като уредник в Окръжен исторически музей – Стара Загора (понастоящем Регионален исторически музей – Стара Загора). От 1990 до 1995 г. е преподавател във Великотърновския университет, а от 1995 до 2007 г. преподава История на България в Шуменския университет „Епископ Константин Преславски“. През 1995 – 1996 г. е докторант на самостоятелна подготовка към Института за исторически изследвания при Българската академия на науките. През 1996 г. придобива академичната степен доктор по История на България, а от 2001 г. е доцент по История на Българското възраждане в Шуменския университет. През 2009 г. защитава дисертация за придобиване на академичната степен доктор на историческите науки с дисертация на тема „Българското църковнонационално движение (1856 – 1870)“. Дисертацията е защитена пред Специализирания научен съвет по нова и най-нова история към Висшата атестационна комисия при Министерски съвет. През 2010 г. придобива академичното звание професор по История на България пред Специализирания научен съвет по Нова и Най-нова история към ВАК. През 2020 г. придобива научната степен доктор на науките по специалност Музеология в Института за етнология и фолклористика с етнографски музей при Българската академия на науките.
Широко място в научната и обществената ѝ дейност заемат музейната проблематика и музейната мрежа. Освен чрез редица академични и експертни анализи, Вера Бонева участва и пряко в процесите на адаптиране на българските институции на паметта към съвременното общество на знанието и информационните технологии. Пряко е ангажирана с консултантска дейност при реализиране на част от проектите по опазване и популяризиране на културното наследство. Представяла е доклади на международни научни конференции по музеология в Берлин, Варшава, Лисабон, Талин и др. Членка е на научния екип на международния проект EuroVision – Museums Exhibiting Europe (EMEE) както и на други научни и експертни екипи, работещи в областта на теоретичната и приложна музеология. От 2015 г. заедно с Нейко Генчев е съпредседател на неправителствената организация, действаща в обществена полза, Институт за приложна музеология. [1] Институтът за приложна музеология реализира редица дейности в сектора на музеите и художествените галерии и поддържа единственият национален сайт за музеи в България.
Вера Бонева е автор, съавтор и участник в редица творчески проекти, посветени на различни исторически личности, събития, артефакти и други елементи на културния и обществен живот на България и Европа. Заедно с Ралица Димитрова е сценарист на филм за възрожденеца Добри Войников – „Българското позорище“ (2010). Участва в създаването на сайт за Паисий Хилендарски – 2012 г. Съавторка е в енциклопедията „Бележити българи“ на Издателство „Труд“ и др. През 2020 г., в съавторство с Пламен Герасимов и Ралица Димитрова, участва в реализирането на национален проект "Другият музей", финансиран от Национален фонд "Култура". В резултат от проекта са създадени пет документални филма за музеи в Балчик, Панагюрище, Казанлък, Варна и Котел.
Библиографии и пълнотекстово представяне на материали от Вера Бонева:
Толерантността, тази трудна политическа добродетел. Към историята на българските политически нрави 1869 – 1885 година. В. Търново, 1992. 208 стр. (В съавторство с Петко Ст. Петков).
Исторически етюди по Българско възраждане. В. Търново, 1997.
Американската мечта в българското възрожденско общество. Издание на Исторически музей В. Търново. Рецензент Велко Тонев. 1998.
Пандели Кисимов. Кратък очерк на въстанията на българите за освобождение през последните четири века до Освободителната война на 1877 година. Уводна статия и бележки В. Бонева и Н. Проданов. Шумен, 1998.
Пътеводител в проблематиката и литературата по история на Българското възраждане. 48 стр. Редактор Петко Ст. Петков. Издателство „Хеликон“, Шумен, 1999.
Българското възраждане в Шумен и Шуменско. Църковно-национални борби и постижения. Издателство Faber, В. Търново, 2002. Рецензенти Велко Тонев, Михаил Грънчаров. 324 стр. Второ издание в електронна форма. 2007 година. www.liternet.bg.
Христоматия по история на Българското възраждане. Църковно-национално движение. Университетско издателство „Епископ Константин Преславски“, Шумен, 2002. Рецензенти Пламен Митев и Иван Русев. 240 с. ISBN - 954-577-119-4
Тестове по история на България. Съавтори Тодор Тодоров и Росица Ангелова. Рецензенти Петко Ст. Петков и Милко Палангурски. Издателство на Шуменския университет „Епископ Константин Преславски“. Шумен, 2009.