Той е единственият син на граф Хуго I фон Верденберг-Хайлигенберг († 7 декември 1280) и съпругата му Мехтилд фон Нойфен († сл. 1267), вдовица на граф Рудолф III фон Раперсвил († 28 юли 1262). Той има пет сестри.
Хуго II фон Верденберг-Хайлигенберг се жени пр. 3 юни 1281 г. за графиня Еуфемия фон Ортенбург († сл. 23 април 1316), дъщеря на граф Фридрих I фон Ортенбург († 1304) и Аделхайд фон Тирол-Гьорц († 1291). Те имат 12 деца:[1][2][3]
Маргарета фон Верденберг († сл. 1326/сл. 1335) ∞ I. (пр. 1238) Бертолд III фон Грайзбах (+ 8 октомври 1324), ∞ II. граф Улрих V фон Пфанберг († 23 октомври 1254)
Литература
Gerhard Köbler, Werdenberg (Grafschaft), in: Historisches Lexikon der deutschen Länder. Die deutschen Territorien vom Mittelalter bis zur Gegenwart. 2. verbesserte Auflage, München 1989, S. 605
Hermann Wartmann: Werdenberg, Grafen von. In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 41, Duncker & Humblot, Leipzig 1896, S. 749 – 759.
Carl Borromäus Alois Fickler, Heiligenberg in Schwaben. Mit einer Geschichte seiner alten Grafen und des von ihnen beherrschten Linzgaues. Macklot, Karlsruhe 1853 (Digitalisat)
Eduard Berenbach: 800 Jahre Grafen von Heiligenberg, Meder, Donaueschingen 1936.
Unknown author, Europaische Stammtafeln, by Schwennicke, Vol. 12, chart 50.
Europaische Stammtafeln, by Wilhelm Karl, Prinz zu Isenburg, Vol. XII, Tafel 50.