Стоян Трушков е роден през 1870 година в град Петрич, тогава в Османската империя в занаятчийско семейство. Учи в Петрич и Сяр - в българското четвъртокласно училище. През 1892 завършва четвъртия випуск на педагогическото отделение на Солунската българска мъжка гимназия.[1][2] Дълги години работи като екзархийски учител в редица населени места. През 1894 година е назначен за учител в село Чехларе, Пловдивско.[3] През учебната 1895 -1896 година е преподавател в Българска духовна семинария в Цариград.[4] Учителства още в Гуменджа, Мелник, Ахъ Челеби (1902-1903)[5] и Дойран. От 1900 до 1901 година[6] и 1903 до 1907 година е главен учител и училищен инспектор в родния си град. Полага големи грижи за развитието на просветното дело в Петричко. През 1906 година спомага за превръщането на Петричкото българско училище в трикласно.
Трушков е посветен в освободителното дело и се присъединява се към ВМОРО. Избран е за околийски ръководител на организацията в Петрич, където се изявява се като способен и тактичен ръководител. След освобождението на родния си град от османска власт (16/29 октомври 1912) е избран за член на първото българско околийско управление в Петрич.[7]
↑ДАА-ЦДА, ф. 246К, оп. 1, а.е. 525 л. 210-211. Ведомост за заплатите на учителите при трикласното и основно училише в Петрич от 1 март до 1 юни 1901 год.