Конгрегацията е основана на 21 юли1542 от папа Павел III и оттогава е носила няколко имена:
Върховна свещена конгрегация на Римската и Вселенска инквизиция (1542-1908)
Върховна свещена конгрегация на Светата служба (1908-1965)
Свещена конгрегация за доктрината на вярата (1965-1983)
Конгрегация за доктрината на вярата (след 1983)
До 1968 Конгрегацията се ръководи формално от папата, който е и неин префект. Той назначава един от кардиналите за секретар, а по-късно за пропрефект, и той реално ръководи работата на Конгрегацията. След 1968 кардиналът, ръководещ организацията, носи титлата префект, а секретарят е втори по ранг в йерархията.