Организацията е наречена на своя основател и първи председател Луи Пастьор, който успешно разработва първия серум срещу бяс през 1885 година. Институтът е основан в Париж на 4 юни1887 г. и официално започва работа на 14 ноември1888 г.
В продължение на повече от столетие институт „Пастьор“ се налага като един от водещите фактори в борбата с инфекциозните, паразитните и имунните заболявания и като световен център за разработка на медикаменти и провеждане на биомедицински изследвания. Благодарение на открития, направени от учени от института през годините, съвременната медицина е в състояние да контролира и лекува такива опасни и смъртоносни в миналото заболявания като дифтерит, тетанус, туберкулоза, полиомиелит, грип, жълта треска, холера, хепатит Б. През 1983 година там е изолиран вирусът HIV, който причинява синдрома на придобитата имунна недостатъчност.
