На 16 септември 2009 г. в Страсбург Европейският парламент преизбира Барозо за втори 5-годишен мандат. От общо 718-те депутати, участвали в гласуването, той е подкрепен от 382 евродепутати, при 219 „против“, и 117 „въздържал се“. Съгласно действащия Договор от Ница кандидатът се нуждае от обикновено мнозинство, за да бъде преизбран.
„
„Като председател на Комисията моята партия ще бъде Европа. За мен това е силен сигнал, че Европейският парламент одобрява програмата ми за Комисията през следващите 5 години. Ще работя тясно с всички политически групи в парламента, които споделят моите виждания за развитието на Евросъюза“, посочва Барозо след гласуването.