Парафія існуе з 2000 года, святая імша праводзілася ў кінатэары на працягу двух месяцаў. Затым нечакана кіраўніцтва горада яе забараніла і парафія пераехала ў пусты дом па вул. Камсамольская, 4а (раней будынак належаў Стаўбцоўскаму ДРСУ, але быў спісаны і падлягаў зносу).
У студзені 2001 года кіраўніцтва абшчыны, ксендз Уладзіслаў Завальнюк і старшыня касцёльнага камітэта П. А. Жых звярнуліся да ўладаў з просьбай аб выдзяленні ўчастка пад будаўніцтва культурна-хрысціянскага цэнтра, але так не атрымалі згоды ад дзяржынскага райвыканкама.
У 2002 годзе на працу ў фаніпальскую парафію быў скіраваны ксёндз Станіслаў Салата, які 5 красавіка 2003 года быў афіцыяльна назначаны пробашчам.
21 ліпеня 2003 года парафія атрымала згоду на будаўніцтва касцёла. Рэлігійная абшчына заключыла пагадненне з праектным прыватным унітарным прадпрыемствам «Творчая майстэрня архітэктара Базевіча А. Ф.» на падрыхтоўку архітэктурнага праекта будынка касцёла і плябаніі.
У чэрвені 2006 года адбылося асвячэнне пляцоўкі пад касцёл. У прысутнасці вернікаў парафіі біскуп Антоній Дзям’янка благаславіў будаўніцтва святыні ў Фаніпалі. У жніўні 2006 года адбылося аб’яднанне парафій Маткі Боскай Шкаплернай ў вёсцы Фрунзэ Дзяржынскага раёна з парафіяй Найсвяцейшага Сэрца Езуса і Марыі ў Фаніпалі, якія з гэтага часу абслугоўваў ксёндз Станіслаў Салата. Пакуль адбывалася будаўніцтва, святыя Імшы праводзіліся ў вагончыку, які стаяў побач з будовай.
У лютым 2009 года ў парафіі з’явіўся новы пробашч — ксендз Сяргей Дабрагост.
20 верасня 2020 года святая Імша ўпершыню цэлебравалася ўнутры касцёла.
