22 красавіка 1841 года ў Зальцбургу быў заснаваны Галоўны музычны клуб і «Моцартэум» як музычная школа і архіў для захавання дакументаў Моцарта. У 1880 годзе пасля больш ранніх простых школьных формаў была заснавана Грамадская музычная школа «Моцартэум», папярэдніца сучаснага універсітэта. У 1914 годзе музычная школа была прызнана кансерваторыяй з правам на дзяржаўнае фінансаванне. У 1939 годзе гэтая кансерваторыя была перайменаваная ў Імперскі ўніверсітэт «Моцартэум». Пасля 1945 года яна называлася Вышэйшай музычнай школай. У 1953 годзе ВНУ стала Акадэміяй музыкі і выканальніцкага мастацтва «Моцартэум» у Зальцбургу. У 1970 годзе акадэмія у сваю чаргу была перайменаваная ў Вышэйшую школу музыкі і выканальніцкага мастацтва «Моцартэум» у Зальцбургу. З 1998 года вучэльня мае сучасную назву.
