Нілоцкія плямёны засялілі паўночную частку сучаснага Паўднёвага Судана ў ІІІ тыс.да н.э., паўднёвую — у пачатку ІІ тыс.н.э. У ХІХ ст. Судан апынуўся пад уладай егіпецкай дынастыі Махамеда Алі, у 1899-1956 быў англа-егіпецкім кандамініумам, у 1956 Судан атрымаў незалежнасць. Этнічныя, рэлігійныя, эканамічныя, палітычныя супярэчнаці прывялі распаду Судана на Судан і Паўднёвы Судан у 2011. Адразу пасля набыцця незалежнасці ў Паўднёвым Судане пачаўся міжэтнічны гвалт, што прывёў да грамадзянскай вайны, якая пачалася ў снежні 2013 і доўжыцца па сёння.
Старажытныя часы
Сведчанні аб пасяленнях нілоцкіх плямёнаў на поўначы Паўднёвага Судана адносяцца да ІІІ тыс. да н.э. Археолагі звяртаюць увагу на адгонную жывёлагадоўлю, купалападобныя дамы і тыкулі, уласцівыя для нілотаў.
Пранікненню цывілізацыі з поўначы заўсёды перашкаджалі балотныя абшары Судаў. У 61 г н.э. рымскія салдаты па загаду Нерона спрабавалі падняцца як мага ўверх па Белым Ніле, але прайсці бар'ер Судаў не здолелі і яны.
Сярэднія вякі і Новы час да ХІХ ст
Тэрыторыя верхняга Ніла была заселена у выніку вымушанай міграцыі на поўдзень нілоцкіх плямёнаў ў Х-ХV ст.н.э., што стала наступствам падзення хрысціянскіх Нубіййскіх дзяржаў, не здолеўшых супрацьстаяць арабскай экспансіі.
У перыяд з ХV па ХІХ ст. асноўнымі падзеямі гісторыі краіны сталі племянныя міграцыі. Дзінка, нуэры, шылукі прасунуліся з раёна Бахр-эль-Газаля на ўсход, заняўшы таксама вобласць Верхняга Ніла; у той час як ачолі (сёння жывуць ва Угандзе) і бары перасяліліся ў рэгіён Экваторыі. Плямёны азандэ, мунду, бака — сёння нешматлікія — прыйшлі ў Паўднёвы Судан у ХVІ-м стагоддзі з поўдня і стварылі ў той жа Экваторыі найбуйнейшыя на той час дзяржавы. У ХVІІІ стагоддзі клан Авуранга падначаліў плямёны азандэ і заставаўся самай уплывовай унутранай сілай да пачатку ХХ ст.
Пад уладай Егіпта
У ХІХ ст. увесь Судан апынуўся пад уладай Егіпецкай дынастыі Махамеда Алі. У пачатку 1820-х егіпцяне захапілі паўночны Судан, у 1827-1830 далучылі тэрыторыі верхняга Ніла і Собата. Адмірал Салім Куабадан у 1839-42 падняўся па Ніле да сучаснай Джубы. Новыя ўлады спрабавалі замацавацца на захопленых землях, але спроба стварыць сетку фортаў і гарнізонаў разбілася аб складаны клімат і хваробы. У 1851 пад ціскам заходніх дзяржаў егіпцяне адкрылі паўднёвы Судан для місіянераў каталіцкага вікарыяту і гандляроў, ахвочых да слановае косці. У 1850-я попыт і цана на слановую косць моцна выраслі: фартэпіяна і більярдныя шары ў Амерыцы і ў Еўропе сталі масавымі таварамі. Вось толькі мясцовых чамусьці не зацікавілі замежныя прынады і яны ставіліся да еўрапейцаў варожа. У рэшце рэшт кантроль над рэгіёнам узяў у свае рукі купец і гандляр рабамі Рахма Мансур. Шматлікія спробы разбіць яго наймітаў былі беспаспяховыімі і толькі ў 1878 падчас паездкі ў Каір, дзе ён хацеў даць хабар каб яго прызналі ўладаром, Рахма быў узяты пад дамашні арышт і страціў уладу. Падзеі Махдысцкай рэвалюцыі не закранулі паўднёвы Судан, але адрэзалі край ад Егіпта.
Англа-егіпецкі кандамініум
У 1899-1956 Судан быў англа-егіпецкім кандамініумам. Брытанцы мелі намер аб'яднаць паўднёвы Судан з Угандай, аднак у 1947 канферэнцыя ў Джубе пацвердзіла адзінства Судана.
У складзе Судана
Бюлетэні для рэферэндуму былі надрукаваны ў Вялікабрытаніі
У 1956 краіна атрымала незалежнасць. Этнічныя, рэлігійныя, эканамічныя, палітычныя супярэчнаці прывялі да дзвюх грамадзянскіх войнаў. У выніку першай суданскай грамадзянскай вайны (1955-1972), падчас якой загінула паўмільёна чалавек, рэгіён атрымаў аўтаномію. Другая вайна (1983-2005) забрала жыцці двух мільёнаў чалавек, яшчэ 4 млн. сталі бежанцамі. У выніку другой грамадзянскай вайны Хартум пагадзіўя на рэферэндум. Рэферэндум, падчас якога ў Судане ў якасці назіральнікаў знаходзіліся сусветна вядомыя палітыкі (Джымі Картэр, Джон Кэры, Кофі Анан) адбыўся у студзені 2011 і з вынікам 98.83% "за" бяскроўна развёў два Суданы. Паўднёвы Судан засмуціўся тым, што рэферэндум не адбыўся ў багатым нафтай раёне Аб'ей, дзе ён таксама мусіў адбыцца.
Незалежны Паўднёвы Судан
9 ліпеня 2011 была абвешчана незалежнасць Паўднёвага Судана, 54-й дзяржавы Афрыкі. У выніку гэтай падзеі званне першай афрыканскай і дзясятай у свеце па плошчы дзяржавы перайшло да Алжыра, а Паўднёвы Судан стаў і застаецца самай маладой дзяржавай свету. Адразу пасля набыцця незалежнасці ў Паўднёвым Судане пачаўся міжэтнічны гвалт, што прывёў да грамадзянскай вайны, якая пачалася ў снежні 2013 і доўжыцца па сёння. У 2017 краіна зведала голад.
