Larnaka şəhəri eramızdan əvvəl XIV əsrdə Qədim Yunanıstanda yaşayan yunanlar tərəfindən Kition adı ilə salınmışdır. Həmin tarixdən bəri şəhər və ətrafında yaşayış mövcuddur. Müxtəlif zamanlarda baş verən zəlzələlər zamanı dağılan və sonralar yenidən inşa edilən şəhərin liman hissəsi Orta əsrlər zamanı zədələnmiş və nəticədə palçıqla dolmuşdur. Bundan sonra şəhərin cənub tərəfində qalan sahil hissəsində də şəhər salma işlərinlə başlanılmışdır. Günümzdə Larnakanın antik limanının və məşhur qalasının izləri itmişdir. 1426-1489-cu illər aralığında Məmlüklər tərəfindən idarə edilən şəhər, 1489-cu ildə Venesiya Respublikasının nəzarəti altına keçmişdir.
Kipr adasının Osmanlı İmperiyası tərəfindən fərh edilməsi zamanı Lefkoşa şəhərinin ələ keçirilməsindən sonra Larnaka şəhəridə təslim olaraq Osmanlı nəzarəti altına keçmişdir. Şəhər XIX əsrdə adanın ən böyük və ən önəmli liman şəhəri hesab olunurdu. 1894-cü ildə aparılan arexoloji qazınatılar zamanı Kition şəhərinin qalıqlarında rastlanılmışdır.