Bu soyun əcdadları 1592-ci ildən sonra Bakıya gəldilər.[1]Abbasqulu ağa Bakıxanovun dediyinə görə nəslin əcdadları Malati hökmdarı Sultan Əhməd xanın səltənətinin sonu mənasına gəldiyi bəlli olan "Xan Əhməd məsələsi" ndən[2] sonra Gilandan Bakıya köçmüşlər.[3]
O, iddia edir ki, Bakı xanlarının əcdadları Təbəristanda hakim olan Nur və Kucur hökmdarlarından,yəni Paduspanilərdən gəlir. Sülalənin ilk tanınmış üzvləri Məmmədhüseyn bəy və oğlu Heybət bəy idi. Heybət bəyin böyük oğlu Dərgahqulu bəy Maştağada şəhəri ələ keçirmiş və Səfəvilərin təyin etdiyi sultanı öldürmüş mülk sahibi idi, daha sonra özünü xan, Səlim xanı isə Abşeronun naibi təyin etmişdi. Surxay xanın və daha sonra Şirvanlı Hacı Davudun qüvvələrini məğlub edərək hakimiyyətini Şabran və Qobustana qədər uzatdı. Ancaq döyüşdə kiçik qardaşı Hüseyni itirdi. Dərgahqulu 1723-cü ildə[4] 700 əsgərlə birlikdə Mixail Matyuşkinə qalanı təslim etdi və[5]Rusiya imperiyası tərəfindən yerli hökmdar kimi qəbul edildi.
Bakıxanovların böyük qolu oğlu Mirzə Məhəmməd 1747-ci ildə müstəqil xan rütbəsinə yüksələn Dərgahqulu bəyin nəslindən idi. Bu qol Rusiya İmperiyasına xidmət edən xanlar, generallar və hərbi zabitlərlə təmin etdi.
Kiçik qolun üzvləri Dərgahqulunun mərhum qardaşı — Hüseyncandan gəlirdilər.[6] Bu qol həm Sovet dövründə, həm də Azərbaycan dövründə fəal olan musiqiçiləri, elm adamlarını və sənətçilərini təmin etdi.
Bakıxanovlar sülaləsinin şöhrəti Mirzə Məhəmməd xan Sani ilə başlayır. Bakı və Quba xanlıqlarının Rusiyaya yaxınlaşmasında onun böyük xidmətləri olub. 1824-cü ildə Qafqaz baş komandanı Yermolov Mirzə Məhəmməd Saninin bu xidmətlərini yüksək qiymətləndirərək ona Quba əyalətində 7 para kənd bağışlamışdır. O kəndlər bunlardır: Rustov, Hacı Qaraqaşlı, Əmsar, Qaraqaşlı, Qarabağlı, Qulamlı və Şıxnəzərli. Bu torpaqlar onun xüsusi mülkiyyətinə daxil edilərək, xəzinənin hər cür vergilərindən azad edilmişdi.
Mirzə Məhəmmədin qardaşı (onlar iki qardaş olublar) Əbdürrəhim ağanın da ruslara az xidməti olmamışdır. SisianovunBakıya səfəri ərəfəsində o ailəsini Bakıda təhlükə altında buraxıb, Şamaxıya generalın xidmətinə getmişdi.
Mirzə Məhəmmədin 6 oğlundan altısı da atalarının yolu ilə gedərək, rus hərbi dairələrində xidmət etmişlər. Böyük oğlu Abbasqulu ağa Tiflisdə hərbi komandanlıq nəzdində tərcüməçi işləmişdir. Rus və şərq dillərini mükəmməl bilməsi, şərq tarixinə yaxından bələdliyi ona Qafqazın hərbi dairələrində böyük şöhrət qazandırmışdı. O bu xidmətində polkovnik rütbəsinədək yüksələ bilmişdi. Abbasqulu ağanın anabir qardaşı Cəfərqulu ağa XIX əsrin ortalarında Qafqaz ordusunda döyüşən generallardan biri kimi tanınmışdı. 1867-ci ildə istefaya çıxaraq, Qubada atasından qalmış təsərrüfatı idarə etməklə məşğul olmuşdu. Cəfərqulu ağa 1826–1828-ci illər rus-İran müharibəsində göstərdiyi qəhrəmanlığa görə üçüncü dərəcəli Müqəddəs Anna ordeni ilə təltif olunmuşdu. Sonrakı vuruşmalarda da həmişə fərqlənmiş, orden və medallara layiq görülmüşdü. Mirzə Məhəmmədin ikinci arvadından olan övladlarından Qədir ağa rus ordusunda kapitan, Mustafa ağa isə general-mayor rütbələrində xidmət etmişlər. Mirzə Məhəmmədin nəvələrindən də çoxu atalarının yolu ilə getmişdilər. Cəfərqulu ağanın hər iki oğlu — Həsən ağa ilə Əhməd ağa ömürlərinin sonunadək rus ordusunda xidmət etmişlər.
Abbasqulu ağanın oğlu olmamışdır. İki qızından biri Nisa Bəyim Cəfərqulu ağanın oğlu Həsən ağaya, o biri qızı Tuğra xanım isə Cəfərqulu ağanın kiçik oğlu Əhməd ağaya ərə getmişlər. Firidun bəy Köçərlinin yazdığına görə Tuğra xanım şer də yazmışdır. Hətta bu aşağıdakı iki misranı onun şerlərindən nümunə kimi göstərmişdir:
Tuğra xanımam, aləm ara çünki əzizəm,
Abbasqulu ağa qızı, Zəhraya kənizəm.
Nisa Bəyimin əri — Cəfərqulu ağanın oğlu Həsən ağa Bakıxanov Qafqaz ordusundakı xidmətlərinə görə çoxlu orden və medallara layiq görülmüşdü. Cəfərqulu ağanın kiçik oğlu Əhməd ağa da orduda qvardiya-polkovniki rütbəsi ilə xidmət etmişdir. Onların Nurcahan xanım adında bir bacıları da olub.
Bakıxanovlar çox maarifpərvər olub, ölkənin mədəni həyatı ilə həmişə maraqlanmışlar. Mirzə Məhəmməd xanın ən kiçik oğlu general-mayor Abdulla ağanın "Əkinçi" qəzetinin banisi Həsən bəy Zərdabi ilə olan məktublaşması buna sübutdur. Abdulla ağa və habelə onun qardaşı oğlu Əhməd ağa "Əkinçi" qəzetinin nəşrə başlamasına nəinki mənəvi, eyni zamanda maddi kömək də göstərmişlər. Ən çətin və ağır günlərdə onlar Həsən bəyin köməyinə çatmış, onu ruhlandırmağa çalışmışlar. Abdulla ağa Qubadan Həsən bəyə göndərdiyi 1875-ci il 19 iyun tarixli məktubunda yazırdı: "…Sizə başladığınız bu işdə müvəffəqiyyətlər diləyirəm. Doğrudur, ilk əvvəllər bəzi uğursuzluqlar olacaqdır. Bundan ötrü ruhdan düşməməli, həmişə olduğu kimi bu xeyirli işi davam etdirməlisiniz". Abdulla ağa "Əkinçi" qəzetinin çapına icazə alınmasında yerli hakimiyyət orqanları vasitəsilə əlindən gələni etmişdi.
Bakıxanovlar böyük nəsil olmuşdur. Onların qol-budaqları bu gün də mövcuddur. Bakı kəndlərindən bir çoxunda Bakıxanovlar sülaləsinin
nümayəndələrinə rast gəlmək mümkündür. Bakı şəhərində yaşayan Bakıxanovlar isə hazırda Azərbaycanın mədəni həyatında böyük xidmətləri ilə tanınmış adamlardır.