Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 17 noyabr 2015-ci il tarixli, 363 saylı "Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının strukturunun və işçilərinin say həddinin təsdiq edilməsi haqqında" Qərarına müvafiq olaraq, Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Rəyasət Heyətinin 25 may 2016-cı il tarixli, 8/3 saylı Qərarına əsasən İnstitutun strukturu təsdiq edilmişdir.
Şöbələr
"Təbiət və dəqiq elmlər tarixi" şöbəsi
Əsas fəaliyyət istiqamətləri: təbiət, dəqiq və texniki elmlərin inkişaf mərhələləri; qədim sivilizasiyalarda elmi və texniki inkişaf; Antik dövrdə elm və texnika; orta əsr müsəlman Şərqində elmi–texniki biliklər və nailiyyətlər; XIX–XXI əsrlərdə elmi fənlərin və texnikanın inkişaf istiqamətləri; elm və texnikanın prioritet istiqamətləri.
"Elm tarixinin nəzəri və metodoloji problemləri" şöbəsi
Əsas fəaliyyət istiqamətləri: elm tarixinin nəzəri və metodoloji problemlərinin işlənib hazırlanması; elmşünaslıq üzrə tədqiqatların metodologiyası; elmi-tarixi faktların fəlsəfi idrakı və ictimailəşdirilməsi; elm və texnika tarixinin araşdırılmasının digər innovativ metodları.
"Elmşünaslıq və elmin sosial problemləri" şöbəsi
Əsas fəaliyyət istiqamətləri: elmşünaslıq tarixi elmi tədqiqatların istiqaməti kimi; müxtəlif mədəniyyət və tarixi dövrlərdə elmi-texniki biliklər; elm və cəmiyyət imicinin sosial-psixoloji analizi; elmi yaradıcılıq motivasiyası; elmi kollektivlər və onlara rəhbərlik; elm və texnika tarixinin öyrənilməsində sosial, fəlsəfi və statistik tədqiqat üsulları; Azərbaycanda elmi kadrların dinamikası, elmi miqrasiya; elmi potensialın və elmi fəaliyyətin qiymətləndirilməsi; elmi tədqiqatların nəticələrinin səviyyə və keyfiyyət indikatorları (elmmetriya); elmin iqtisadiyyatı; alimin peşəkar cavabdehliyi və etikası; elm siyasəti, elmi və texniki inkişafın planlaşdırılması və proqnozlaşdırılması.
"Tarixşünaslıq və mənbəşünaslıq" şöbəsi
Əsas fəaliyyət istiqamətləri: Azərbaycan tarixşünas və mənbəşünas alimlərinin bioqrafiya və mətnlər külliyyatının yaradılması və öyrənilməsi; Azərbaycanın elm və texnika tarixi mənbəşünaslığının biblioqrafik və arxiv kataloqunun yaradılması; Azərbaycanın elm və texnika mənbəşünaslığı və tarixşünaslığı qədim dövrlərdən müasir günümüzədək.
Fəaliyyət istiqamətləri
Elm Tarixi İnstitutunda aparılmış tədqiqatlar öz əksini onun əsas fəaliyyət istiqamətlərində tapmışdır.
Elm, texnikanın, onların əsas sahələri və problemlərinin tarixi;
Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının və elmi müəssisələrin tarixi;
Cəmiyyətdə elmin təkamülü;
Elmşünaslıq;
Elm və texnika tarixinin mənbəşünaslığı və tarixşünaslığı;
Elm və texnika tarixinin öyrənilməsinin yeni metodlarının inkişafı;
Elm və texnika sahəsində maarifçilik fəaliyyəti;
Elmi-maarifçilik fəaliyyəti (elmin populyarlaşdırılması);