رغم أن المركز كان يتقاسم معظم مهام إطلاق المركبات الفضائية السوفياتية مع مطار بليسيتسك الفضائي[الإنجليزية] إلا أن التكامل بينهما كان أكثر منه تنافساً: فقرب مطار بليسيتسك الفضائي من القطب الشمالي كان يميزه لإطلاق الصواريخ إلى المدارات المرتفعة أما مركز بايكونور فكان أكثر عملية لإطلاق المركبات نحو المدارات القريبة كمدار محطة الفضاء الدولية. كما أن معدات الإطلاق به تسمح بإطلاق صواريخ أكبر.
ومن هذا المنطلق يستعمل المركز اليوم في الرحلات الروسية والعالمية وبما أنه يوجد في قلب الأراضي الكازاخستانية فإنه لم يعد يمكن استعماله لأغراض عسكرية من قبل روسيا. ويستعمل المركز اليوم خاصة لإطلاق صواريخ سويوز.
