ولد في جنوة فهو الابن البكر لـ أمير أماديو من سافويا، دوق أوستا وزوجته الأولى الدونا ماريا فيتوريا ديل بوزو، وبعد وقت قصير من ولادته تم انتخاب والده في عام 1870 كـ ملك إسبانيا وبهذا أصبح مانويل فيليبرتو أمير أستورياس ومع ذلك تولى الخلافة لوقت قصير تنازل والده عن الملكية بسبب تأزم الأمور هُناك، وعادت العائلة إلى إيطاليا في عام 1873 بعد ثلاث سنوات من الصعود إلى العرش، وفي عام 1890 أصبح دوق أوستا.
توفي الأمير مانويل فيليبرتو في عام 1931 في تورينو، وفقاً لإرادته تم دفنه في المقبرة العسكرية في رديبویلیا جنباً إلى جنب مع الآلاف من جنود الجيش الثالث.