عامل تنشيط البروتياز الاستماتي الأول

APAF1
بنى متوفرة بنك بيانات البروتين Ortholog search: PDBe RCSB قائمة رموز معرفات بنك بيانات البروتين 1C15, 1CWW, 1CY5, 1Z6T, 2P1H, 2YGS, 3J2T, 3YGS, 4RHW, 3JBT
معرفات
أسماء بديلة	APAF1, APAF-1, CED4, apoptotic peptidase activating factor 1
معرفات خارجية	الوراثة المندلية البشرية عبر الإنترنت 602233 MGI: MGI:1306796 HomoloGene: 7626 GeneCards: 317
علم الوجود الجيني وظائف جزيئية • heat shock protein binding • ADP binding • ‏GO:0001948، ‏GO:0016582 ربط بروتيني • identical protein binding • ATP binding • nucleotide binding • cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process مكونات خلوية • سيتوبلازم • عصارة خلوية • حويصلة خارج خلوية • نواة • apoptosome • الفراغ خارج الخلية • secretory granule lumen • ficolin-1-rich granule lumen • ‏GO:0009327 protein-containing complex عمليات حيوية • cellular response to transforming growth factor beta stimulus • neuron apoptotic process • regulation of apoptotic process • تمايز خلوي • response to hypoxia • response to nutrient • response to G1 DNA damage checkpoint signaling • ‏GO:0010260 شيخوخة • positive regulation of apoptotic signaling pathway • glial cell apoptotic process • نماء عصبي • نمو متعدد الخلايا • cardiac muscle cell apoptotic process • intrinsic apoptotic signaling pathway • intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress • neural tube closure • brain development • positive regulation of apoptotic process • apoptotic signaling pathway • forebrain development • regulation of apoptotic DNA fragmentation • protein homooligomerization • activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process • activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c • ‏GO:0097285 استماتة • neutrophil degranulation • negative regulation of G0 to G1 transition • تطور الكلى المصادر:Amigo / QuickGO
نمط التعبير عن الحمض النووي الريبوزي
المزيد من بيانات التعبير المرجعية
تماثلات متسلسلة
أنواع	الإنسان	الفأر
أنتريه	317	11783
Ensembl	ENSG00000120868	ENSMUSG00000019979
يونيبروت	O14727	O88879
RefSeq (رنا مرسال.)	‏NM_013229، ‏NM_181861، ‏NM_181868، ‏NM_181869، ‏XM_017019250، ‏XM_047428758، ‏XM_047428759، ‏XM_047428760 NM_001160، ‏NM_013229، ‏NM_181861، ‏NM_181868، ‏NM_181869، ‏XM_017019250، ‏XM_047428758، ‏XM_047428759، ‏XM_047428760	‏NM_001282947، ‏NM_009684 NM_001042558، ‏NM_001282947، ‏NM_009684
RefSeq (بروتين)	‏NP_037361، ‏NP_863651، ‏NP_863658، ‏NP_863659، ‏XP_016874739 NP_001151، ‏NP_037361، ‏NP_863651، ‏NP_863658، ‏NP_863659، ‏XP_016874739	‏NP_001269876، ‏NP_033814، ‏XP_036011453، ‏XP_036011454، ‏XP_036011455 NP_001036023، ‏NP_001269876، ‏NP_033814، ‏XP_036011453، ‏XP_036011454، ‏XP_036011455
الموقع (UCSC	n/a	Chr 10: 90.99 – 91.08 Mb
بحث ببمد	[1]	[2]
ويكي بيانات
اعرض/عدّل إنسان اعرض/عدّل فأر

عامل تنشيط البروتياز الاستماتي الأول

معلومات عامة

جزء من	القائمة ... WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily ^(en) [1] Apoptotic protease-activating factor 1 ^(en) [1] P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ^(en) [1] WD40-repeat-containing domain superfamily ^(en) [1] Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ^(en) [1] Death-like domain superfamily ^(en) [1] Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain, protein family ^(en) CARD domain, protein family ^(en) NB-ARC domain, protein family ^(en) WD40 repeat, protein family ^(en) WD40 repeat, conserved site, protein family ^(en) G-protein beta WD-40 repeat, protein family ^(en)
وُجد في الأصنوفة	إنسان عاقل[2]
يشفر بـ	عامل تنشيط البروتياز الاستماتي الأول[2]
الوظيفة الجزيئية	القائمة ... heat shock protein binding ^(en) [3] ADP binding ^(en) [4] ربط بروتيني[5][6][7] identical protein binding ^(en) [3] ATP binding ^(en) [8] nucleotide binding ^(en) [9][8] cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process ^(en) [10][11][3]
مكون الخلية	القائمة ... سيتوبلازم[8][3] عصارة خلوية[12][13][14] حويصلة خارج خلوية[15] نواة[3] apoptosome ^(en) [16][17][14] الفراغ خارج الخلية[18] secretory granule lumen ^(en) [18] ficolin-1-rich granule lumen ^(en) [18] عصارة خلوية[18][10][3] protein-containing complex ^(en) [19] apoptosome ^(en) [20][4][3] حويصلة خارج خلوية[21]
العملية الحيوية	القائمة ... cellular response to transforming growth factor beta stimulus ^(en) [3] neuron apoptotic process ^(en) [3] regulation of apoptotic process ^(en) [22][18][4] تمايز خلوي[3] response to hypoxia ^(en) [3] response to nutrient ^(en) [3] response to G1 DNA damage checkpoint signaling ^(en) [20] شيخوخة[3] positive regulation of apoptotic signaling pathway ^(en) [3] glial cell apoptotic process ^(en) [14] نماء عصبي[23] نمو متعدد الخلايا[3]
له جزء أو أجزاء	القائمة ... تكرارية W-D الأربعينية[1] G-protein beta WD-40 repeat ^(en) [1] NB-ARC ^(en) [1] CARD domain ^(en) [1] WD40 repeat, conserved site ^(en) [1] Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain ^(en) [1]

تعديل - تعديل مصدري - تعديل ويكي بيانات

عامل تنشيط البروتياز الاستماتي الأول، أو APAF1^[ا] اختصارًا، هو نظير بشري لمورثة CED-4^[ب] عند الربداء رشيقة.^[24][25][26]

الوظيفة

تُعُرِّفَ على البروتين في مختبر شياو دونغ وانغ على أنه منشِّطٌ للكاسبيز الثالث بحضور السيتوكروم C والـdATP.^[27] هذه المورثة ترمز لبروتين جِبِلِّي يشكل أحد أهم المحطات في شبكة الضبط الاستماتي. هذا البروتين يحوي (بدءًا من الطرف N) على نطاق تجنيد كاسبيز (CARD)، على نطاق ATPase (NB-ARC)، بضع نِطاقات لولبية وعدد من تكراريات W-D الأربعينية. عند ارتباطه بالسيتوكروم C والـdATP، يُكوِّن هذا البروتين جسيمًا استماتيًّا قليل القسيمات. الجسيم الاستماتي يرتبط بالبروكاسبيز التاسع، محرِّرًا هيئته الناضجة النشطة. آلية هذا التفاعل الدقيقة مازالت محل جدال، إلا أن غي سالفيسن يقترح عبر عمله المنشور أن الجسيم الاستماتي قد يتسبب في تثني الكاسبيز التاسع وبالتالي تحفُّزه الذاتي.^[28] الكاسبيز التاسع النشط يبدِئ مسلسل الكاسبيز الذي يدفع الخلية إلى الاستماتة.

التضفير البديل يتسبب في تكوين عدة نسخ متغايرة ترمز لنظائر مختلفة.

البنية

يحتوي APAF1 على نطاق تجنيد كاسبيز مع نمط متشابك مكوَّن من ستة لوالب ، نِطاقات طَيَّة روسمان الرابطة للنوكليوتيدات، نمط لولبيٌّ قصير ونطاق لولبيٌّ مجنح.^[29]

التآثرات

ظهر أن APAF1 يتآثر مع:

• APIP ^[30]
• شبيه BCL2 الأول ^[31][32]
• الكاسبيز التاسع ^{[30][31][32][33][34]}
• بروتين الصدمة الحرارية، العائلة أ، الفرد الرابع  ^{[لغات أخرى]}‏ ^[35]
• NLRP1^[33]

المراجع

1. "InterPro Release 71.0". 8 نوفمبر 2018.
2. مذكور في: يونيبروت. الوصول: 13 نوفمبر 2019. معرف يونيبروت: O14727. لغة العمل أو لغة الاسم: الإنجليزية.
3. "GOA". اطلع عليه بتاريخ 2019-04-08.
4. "GOA". اطلع عليه بتاريخ 2019-04-08.
5. William J Henzel (1 Aug 1997). "Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3" (بالإنجليزية). pp. 405–413. Retrieved 2019-04-08.
6. "Aven, a novel inhibitor of caspase activation, binds Bcl-xL and Apaf-1" (بالإنجليزية). Jul 2000. pp. 31–40. Retrieved 2019-04-08.
7. "Integrity of ATP binding site is essential for effective inhibition of the intrinsic apoptosis pathway by NAIP" (بالإنجليزية). 1 Apr 2011. pp. 158–62. Retrieved 2019-04-08.
8. "GOA". اطلع عليه بتاريخ 2019-04-08.
9. "A soluble version of the receptor-like protein tyrosine phosphatase kappa stimulates neurite outgrowth via a Grb2/MEK1-dependent signaling cascade" (بالإنجليزية). Jun 1999. pp. 441–9. Retrieved 2019-04-08.
10. William J Henzel (1 Aug 1997). "Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3" (بالإنجليزية). pp. 405–413. Retrieved 2019-04-08.
11. Pier Giorgio Natali (Feb 2004). "Analysis of APAF-1 expression in human cutaneous melanoma progression" (بالإنجليزية). pp. 93–7. Retrieved 2019-04-08.
12. "GOA". اطلع عليه بتاريخ 2017-10-31.
13. William J Henzel (1 Aug 1997). "Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3" (بالإنجليزية). pp. 405–413. Retrieved 2017-10-31.
14. "GOA". اطلع عليه بتاريخ 2017-10-31.
15. Trairak Pisitkun (3 Dec 2008). "Large-scale proteomics and phosphoproteomics of urinary exosomes" (بالإنجليزية). pp. 363–379. Retrieved 2017-10-31.
16. Lorenzo Galluzzi (Jul 2008). "No death without life: vital functions of apoptotic effectors" (بالإنجليزية). pp. 1113–23. Retrieved 2017-10-31.
17. "GOA". اطلع عليه بتاريخ 2017-10-31.
18. "GOA". اطلع عليه بتاريخ 2019-04-08.
19. "CARD-8 protein, a new CARD family member that regulates caspase-1 activation and apoptosis" (بالإنجليزية). 30 Jan 2002. pp. 13952–13958. Retrieved 2019-04-08.
20. Lorenzo Galluzzi (Jul 2008). "No death without life: vital functions of apoptotic effectors" (بالإنجليزية). pp. 1113–23. Retrieved 2019-04-08.
21. Trairak Pisitkun (3 Dec 2008). "Large-scale proteomics and phosphoproteomics of urinary exosomes" (بالإنجليزية). pp. 363–379. Retrieved 2019-04-08.
22. "Three new types of Apaf-1 in mammalian cells" (بالإنجليزية). 11 Aug 1999. pp. 746–9. Retrieved 2019-04-08.
23. Gonzalo Alvarez-Bolado (18 Sep 1998). "Apaf1 (CED-4 homolog) regulates programmed cell death in mammalian development" (بالإنجليزية). pp. 727–37. Retrieved 2019-04-08.
24. "Entrez Gene: APAF1 apoptotic peptidase activating factor 1". مؤرشف من الأصل في 2024-06-22.
25. Zou H، Henzel WJ، Liu X، Lutschg A، Wang X (أغسطس 1997). "Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3". Cell. ج. 90 ع. 3: 405–13. DOI:10.1016/S0092-8674(00)80501-2. PMID:9267021. S2CID:18105320.
26. Kim H، Jung YK، Kwon YK، Park SH (1999). "Assignment of apoptotic protease activating factor-1 gene (APAF1) to human chromosome band 12q23 by fluorescence in situ hybridization". Cytogenetics and Cell Genetics. ج. 87 ع. 3–4: 252–3. DOI:10.1159/000015436. PMID:10702682. S2CID:10377371.
27. Li P، Nijhawan D، Budihardjo I، Srinivasula SM، Ahmad M، Alnemri ES، Wang X (نوفمبر 1997). "Cytochrome c and dATP-dependent formation of Apaf-1/caspase-9 complex initiates an apoptotic protease cascade". Cell. ج. 91 ع. 4: 479–89. DOI:10.1016/s0092-8674(00)80434-1. PMID:9390557. S2CID:14321446.
28. Pop C، Timmer J، Sperandio S، Salvesen GS (أبريل 2006). "The apoptosome activates caspase-9 by dimerization". Molecular Cell. ج. 22 ع. 2: 269–75. DOI:10.1016/j.molcel.2006.03.009. PMID:16630894.
29. Riedl SJ، Li W، Chao Y، Schwarzenbacher R، Shi Y (أبريل 2005). "Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP". Nature. ج. 434 ع. 7035: 926–33. Bibcode:2005Natur.434..926R. DOI:10.1038/nature03465. PMID:15829969. S2CID:4355459.
30. Cho DH، Hong YM، Lee HJ، Woo HN، Pyo JO، Mak TW، Jung YK (سبتمبر 2004). "Induced inhibition of ischemic/hypoxic injury by APIP, a novel Apaf-1-interacting protein". The Journal of Biological Chemistry. ج. 279 ع. 38: 39942–50. DOI:10.1074/jbc.M405747200. PMID:15262985.
31. Hu Y، Benedict MA، Wu D، Inohara N، Núñez G (أبريل 1998). "Bcl-XL interacts with Apaf-1 and inhibits Apaf-1-dependent caspase-9 activation". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 95 ع. 8: 4386–91. Bibcode:1998PNAS...95.4386H. DOI:10.1073/pnas.95.8.4386. PMC:22498. PMID:9539746.
32. Pan G، O'Rourke K، Dixit VM (مارس 1998). "Caspase-9, Bcl-XL, and Apaf-1 form a ternary complex". The Journal of Biological Chemistry. ج. 273 ع. 10: 5841–5. DOI:10.1074/jbc.273.10.5841. PMID:9488720.
33. Chu ZL، Pio F، Xie Z، Welsh K، Krajewska M، Krajewski S، Godzik A، Reed JC (مارس 2001). "A novel enhancer of the Apaf1 apoptosome involved in cytochrome c-dependent caspase activation and apoptosis". The Journal of Biological Chemistry. ج. 276 ع. 12: 9239–45. DOI:10.1074/jbc.M006309200. PMID:11113115.
34. Li P، Nijhawan D، Budihardjo I، Srinivasula SM، Ahmad M، Alnemri ES، Wang X (نوفمبر 1997). "Cytochrome c and dATP-dependent formation of Apaf-1/caspase-9 complex initiates an apoptotic protease cascade". Cell. ج. 91 ع. 4: 479–89. DOI:10.1016/s0092-8674(00)80434-1. PMID:9390557. S2CID:14321446.
35. Saleh A، Srinivasula SM، Balkir L، Robbins PD، Alnemri ES (أغسطس 2000). "Negative regulation of the Apaf-1 apoptosome by Hsp70". Nature Cell Biology. ج. 2 ع. 8: 476–83. DOI:10.1038/35019510. PMID:10934467. S2CID:20374981.

1. اختصار لـApoptotic protease activating factor 1
2. بروتين الموت الخلوي، اختصار لـ Cell death protein 4

للاستزادة

• Smith TF، Gaitatzes C، Saxena K، Neer EJ (مايو 1999). "The WD repeat: a common architecture for diverse functions". Trends in Biochemical Sciences. ج. 24 ع. 5: 181–5. DOI:10.1016/S0968-0004(99)01384-5. PMID:10322433.
• van Oirschot JT (أغسطس 1999). "Diva vaccines that reduce virus transmission". Journal of Biotechnology. ج. 73 ع. 2–3: 195–205. DOI:10.1016/S0168-1656(99)00121-2. PMID:10486928.
• Nakajima D، Okazaki N، Yamakawa H، Kikuno R، Ohara O، Nagase T (يونيو 2002). "Construction of expression-ready cDNA clones for KIAA genes: manual curation of 330 KIAA cDNA clones". DNA Research. ج. 9 ع. 3: 99–106. CiteSeerX:10.1.1.500.923. DOI:10.1093/dnares/9.3.99. PMID:12168954.
• Campioni M، Santini D، Tonini G، Murace R، Dragonetti E، Spugnini EP، Baldi A (نوفمبر 2005). "Role of Apaf-1, a key regulator of apoptosis, in melanoma progression and chemoresistance". Experimental Dermatology. ج. 14 ع. 11: 811–8. DOI:10.1111/j.1600-0625.2005.00360.x. PMID:16232302. S2CID:45588573.
• Zou H، Henzel WJ، Liu X، Lutschg A، Wang X (أغسطس 1997). "Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3". Cell. ج. 90 ع. 3: 405–13. DOI:10.1016/S0092-8674(00)80501-2. PMID:9267021. S2CID:18105320.
• Li P، Nijhawan D، Budihardjo I، Srinivasula SM، Ahmad M، Alnemri ES، Wang X (نوفمبر 1997). "Cytochrome c and dATP-dependent formation of Apaf-1/caspase-9 complex initiates an apoptotic protease cascade". Cell. ج. 91 ع. 4: 479–89. DOI:10.1016/S0092-8674(00)80434-1. PMID:9390557. S2CID:14321446.
• Ishikawa K، Nagase T، Nakajima D، Seki N، Ohira M، Miyajima N، Tanaka A، Kotani H، Nomura N، Ohara O (أكتوبر 1997). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. VIII. 78 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro". DNA Research. ج. 4 ع. 5: 307–13. DOI:10.1093/dnares/4.5.307. PMID:9455477.
• Pan G، O'Rourke K، Dixit VM (مارس 1998). "Caspase-9, Bcl-XL, and Apaf-1 form a ternary complex". The Journal of Biological Chemistry. ج. 273 ع. 10: 5841–5. DOI:10.1074/jbc.273.10.5841. PMID:9488720.
• Hu Y، Benedict MA، Wu D، Inohara N، Núñez G (أبريل 1998). "Bcl-XL interacts with Apaf-1 and inhibits Apaf-1-dependent caspase-9 activation". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ج. 95 ع. 8: 4386–91. Bibcode:1998PNAS...95.4386H. DOI:10.1073/pnas.95.8.4386. PMC:22498. PMID:9539746.
• Srinivasula SM، Ahmad M، Fernandes-Alnemri T، Alnemri ES (يونيو 1998). "Autoactivation of procaspase-9 by Apaf-1-mediated oligomerization". Molecular Cell. ج. 1 ع. 7: 949–57. DOI:10.1016/S1097-2765(00)80095-7. PMID:9651578.
• Cecconi F، Alvarez-Bolado G، Meyer BI، Roth KA، Gruss P (سبتمبر 1998). "Apaf1 (CED-4 homolog) regulates programmed cell death in mammalian development". Cell. ج. 94 ع. 6: 727–37. DOI:10.1016/S0092-8674(00)81732-8. PMID:9753320.
• Inohara N، Gourley TS، Carrio R، Muñiz M، Merino J، Garcia I، Koseki T، Hu Y، Chen S، Núñez G (ديسمبر 1998). "Diva, a Bcl-2 homologue that binds directly to Apaf-1 and induces BH3-independent cell death". The Journal of Biological Chemistry. ج. 273 ع. 49: 32479–86. DOI:10.1074/jbc.273.49.32479. PMID:9829980.
• Hu Y، Ding L، Spencer DM، Núñez G (ديسمبر 1998). "WD-40 repeat region regulates Apaf-1 self-association and procaspase-9 activation". The Journal of Biological Chemistry. ج. 273 ع. 50: 33489–94. DOI:10.1074/jbc.273.50.33489. PMID:9837928.
• Song Q، Kuang Y، Dixit VM، Vincenz C (يناير 1999). "Boo, a novel negative regulator of cell death, interacts with Apaf-1". The EMBO Journal. ج. 18 ع. 1: 167–78. DOI:10.1093/emboj/18.1.167. PMC:1171112. PMID:9878060.
• Slee EA، Harte MT، Kluck RM، Wolf BB، Casiano CA، Newmeyer DD، Wang HG، Reed JC، Nicholson DW، Alnemri ES، Green DR، Martin SJ (يناير 1999). "Ordering the cytochrome c-initiated caspase cascade: hierarchical activation of caspases-2, -3, -6, -7, -8, and -10 in a caspase-9-dependent manner". The Journal of Cell Biology. ج. 144 ع. 2: 281–92. DOI:10.1083/jcb.144.2.281. PMC:2132895. PMID:9922454.
• Zou H، Li Y، Liu X، Wang X (أبريل 1999). "An APAF-1.cytochrome c multimeric complex is a functional apoptosome that activates procaspase-9". The Journal of Biological Chemistry. ج. 274 ع. 17: 11549–56. DOI:10.1074/jbc.274.17.11549. PMID:10206961.
• Saleh A، Srinivasula SM، Acharya S، Fishel R، Alnemri ES (يونيو 1999). "Cytochrome c and dATP-mediated oligomerization of Apaf-1 is a prerequisite for procaspase-9 activation". The Journal of Biological Chemistry. ج. 274 ع. 25: 17941–5. DOI:10.1074/jbc.274.25.17941. PMID:10364241.
• Qin H، Srinivasula SM، Wu G، Fernandes-Alnemri T، Alnemri ES، Shi Y (يونيو 1999). "Structural basis of procaspase-9 recruitment by the apoptotic protease-activating factor 1". Nature. ج. 399 ع. 6736: 549–57. Bibcode:1999Natur.399..549Q. DOI:10.1038/21124. PMID:10376594. S2CID:4403525.
• Drosopoulos NE، Walsh FS، Doherty P (يونيو 1999). "A soluble version of the receptor-like protein tyrosine phosphatase kappa stimulates neurite outgrowth via a Grb2/MEK1-dependent signaling cascade". Molecular and Cellular Neurosciences. ج. 13 ع. 6: 441–9. DOI:10.1006/mcne.1999.0758. PMID:10383829. S2CID:35458154.