بعد تحكيمه في كأسين عالميين متتاليين وقع زوران بتروفيتش عقدًا احترافيًا مع اتحاد كرة القدم الياباني وكان حكمًا في الدوري الياباني من 1994 حتى 1997. وفاز بجائزتي أفضل حكم في عامي 1994 و1996. كانت مهمته في اليابان نقل خبرته ومعرفته إلى الحكام اليابانيين الجدد.