إليانور تزوجت جواو أمير البرتغال في 22 يناير1470، وبذلك أصبحت «الأميرة البرتغال». بالزواج، هي كانت في عمر أثني عشر عاماً، وكان العريس خمسة عشر عاماً، وكان زوجها ابن أفونسو الخامسوإيزابيلا من كويمبرا ويبدو أنه وريث لعرش البرتغالي، إليانور وجواو أنفقوا الكثير من طفولتهم معا بحيث كانوا أصدقاء حميمين.
إليانور وجواو الثاني انجبا أبناء ولكنهم توفوا في سن مبكرة، إليانور عارضت رغبة زوجها في جعل أبنه الغير الشرعي وريث للعرش، بحيث ناشدت البابا الذي وقفت معها وفي نهاية المطاف أعلن شقيقها مانويل وريثاً لزوجها، حيث أصبح أمير البرتغال.
بعد وصول شقيقها مانويل الأول إلى العرش في 1495، إليانور انتقلت إلى قصر إكسابريجاس، حيث استضافت الديوان الملكي، بحيث كانت ناشطة اجتماعياً، ولفترة وجيزة بين 1500و1502 شقيقها مانويل بحيث عانى من وجود أطفال له، إليانور اعلنت نفسها أصبح الوريث للعرش، ومع ذلك لم يكن لديها أطفال، أيضا رفضت في جعل ابن إيزابيلا شقيقتها «خايمي» وريثاً للعرش.
إليانور كانت ثرية جداً وكانت تستخدم الكثير من أموالها للأعمال الخيرية، في 1498 أنها قامت بـ إنشاء جمعية سانتا دا كاسا كونفراتيرنيتيس مع الأغراض الإنسانية، لا سيما الرعاية للفقراء، والمرضى، والأطفال المتخلى عنهم، بحيث أسسه الأصلية باقية حتى يومنا هذا وأكثر منذ ذلك الحين تم تأسيسها في سائر المدن والبلدات البرتغال وفي المستعمرات البرتغالية.
إليانور تأسست المستشفيات و مستشفى دي تودوس سانتوس ويسبوا دي روسيو، الذي يعتبر من أفضل في أوروبا المعاصرة، وأيضا أسست دير مادري دي ديوس (1509) الذي يعتبر عمل معماري عظيم، حيث أمضت العديد من السنوات اللاحقة فيه، بحيث كانت يرتدي تقريبا ملابس راهبات.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
