يقع اقليم شفشاون على سلسلة جبال الريف التي تتميز بصعوبة التضاريس وبنية جيولوجية حديثة ذات صخور كلسية وجيرية وصلصلية ووعورة المسالك، ومن أهم جبال الإقليم جبل لقرع بباب تازة الذي يصل علوه إلى 2.159م وجبل تسوكا بباب تازة 2.122 متر وجبل تزران بباب برد 2.106 مترا. أما مدينة شفشاون حاضرة الإقليم فانها تقع على ارتفاع 600 متر عن سطح البحر.