كما هو الحال مع المجموعات العرقية الأخرى في الولايات المتحدة، أنشأت إثنية الأويغور الأمريكيين العديد من المنظمات المدافعة عن حقوقهم. لعل أكثرها شهرة هي :
جمعية الأويغور الأمريكية،[2] وهي منظمة مقرها واشنطن العاصمة والتي تم تأسيسها في عام 1998 من قبل مجموعة من الناشطين الأويغور في الخارج بهدف رفع الوعي العام بالشعب الأويغوري.