أمه: أسماء بنت عميس[1] بن معد بن الحارث بن تيم بن كعب بن مالك بن قحافة بن عامر بن ربيعة بن عامر بن معاوية بن زيد بن مالك بن بشر بن وهب الله بن شهران بن عفرس بن خلف بن خثعم بن أنمار
تزوج محمد بن أبي بكر بنت كسرى وكان له ابن واحد هو العالم الفقيه القاسم بن محمد بن أبي بكر الذي خرج من مصر وهو طفل 7 سنين بعد مقتل أبيه محمد وأمه في مصر، وقد أخذه عمه عبد الرحمن بن أبي بكر إلى المدينة المنورة بعد مقتل أبيه وأمه وتربى في منزل النبي محمد في كنف عمته السيدة عائشة بنت أبي بكر .
فتنة مقتل عثمان
شارك محمد بن أبي بكر مع علي بن أبي طالب في موقعة صفين ضد معاوية التي قتل فيها 70,000 مسلم وموقعة الجمل التي قتل فيها 18,000 مسلم ضد طلحة بن عبيد الله والزبير بن العوام وأخته عائشة بنت أبي بكر وهو من أرجعها إلى بيتها.
يقال أنه كان ممن حرض على عثمان بن عفان وللرد على شبهة محمد بن أبي بكر بالتحريض سئل الحسن البصري:
(أكان فيمن قتل عثمان، أحد من المهاجرين والأنصار؟ قال: كانوا أعلاجًا من أهل مصر.)[3]
وقال ابن تيمية : ولا أحد من السابقين الأولين دخل في قتل عثمان.[4]
وهذه النصوص وأمثالها تبرئ محمد بن أبي بكر من دم عثمان.
ظهرت ثلاث روايات تتهم محمد بن أبي بكر، ومنها رواية للذهبي المشكوك بها وقد ظهرت بعد أكثر من 600 سنة من مقتل عثمان يتهم فيها محمد بن أبي بكر:
ذكر شمس الدين الذهبي (مواليد 1274م / توفي 1348م) أن محمد بن أبي بكر سار لحصار عثمان، وفعل أمرًا كبيرًا، فكان أحد من توثب على عثمان حتى قُتل.[5]
قال المؤرخ الأندلسي ابن عبد البر (368 هـ - 463 هـ) : وقيل إن محمدًا شارك في دم عثمان،، وقد نفى جماعة من أهل العلم والخير أنه شارك في دمه، وأنه لما قال عثمان، : (لو رآك أبوك لم يرض هذا المقام منك). فخرج عنه وتركه، ثم دخل عليه من قتله، كما نقل عن كنانة مولى صفية بنت حيي، وكان ممن شهد يوم الدار- أنه لم ينل محمد بن أبي بكر من دم عثمان بشيء.[6]
قتله
تشير بعض الروايات إلى أن معاوية بن خديج قتل محمد بن أبي بكر انتقاما من مشاركته بقتل الخليفة الثالث عثمان بن عفان. في حين أن مسؤولية محمد بن أبي بكر مختلف عليها.
وكان قد ولاه علي بن ابي طالب إمرة مصر بعد موت عثمان سنة سبع وثلاثين في رمضانها ، فالتقى هو وعسكر معاوية، فانهزم جمع محمد، واختفى هو في بيت مصرية ، فدلت عليه ، فقال معاوية بن حديج : قتلت ثمانين من قومي في دم الشهيد عثمان ، وأتركك ، وأنت صاحبه! فقتله ، ودسه في بطن حمار ميت، وأحرقه ، وهناك من لم يقر بهذه الرواية وأبطلها.[2][7]
وقال عمرو بن دينار : أتي بمحمد أسيرا إلى عمرو بن العاص، فقتله.
وقُتِلت زوجة محمد بن أبي بكر في قصر الوالي في مصر.
قال ابن تيمية: وليس مروان أولى بالفتنة والشر من محمد بن أبي بكر ولا هو أشهر بالعلم والدين منه بل أخرج أهل الصحاح عدة أحاديث عن مروان وله قول مع أهل الفتيا واختلف في صحبته ومحمد بن أبي بكر ليس بهذه المنزلة عند الناس ولم يدرك من حياة النبي صلى الله عليه وسلم إلا أشهرا قليلة من ذي القعدة إلى أول شهر ربيع الأول فإنه ولد بالشجرة لخمس بقين من ذي القعدة عام حجة الوداع.