كأس الاتحاد البحريني لكرة القدم 2006-2007 هي النسخة الخامسة من كأس الاتحاد البحريني لكرة القدم. جرت من 21 سبتمبر 2006 إلى 16 يناير 2007. توج نادي الأهلي باللقب بعدما تغلب في المباراة النهائية على النجمة 4-3 بركلات الجزاء الترجيحية بعد انتهاء الوقتين الأصلي والإضافي بالتعادل 1-1.[1]