أثبتت سانشو الثاني قدرته كقائد ولكن فيما يتعلق بالقضايا الإدارية كان أقل كفاءةً، ركز اهتمامه على الحملات العسكرية، كانت أرض مفتوحة لخلافات داخلية كان النبلاء مستاءون من سلوك الملك وبدؤا في التآمر ضده، وعلاوة على ذلك إن الطبقة الوسطى من التجار دائما تتشاجر مع رجال الدين دون أي تدخل من الملك، ونتيجة لذلك فإن رئيس الأساقفة بورتو قدم بشكوى رسمية لـ بابا حول هذا موضوع، وبما أن الكنيسة كانت القوة العظمى في القرن الثالث عشر البابا إنوسنت الرابع أصدر مرسوم يأمر البرتغاليين لاختيار ملك جديد ليحل محل هذا زنديق.
عام 1246 النبلاء المتمردين دعوا شقيقه أفونسو الذي كان يعيش في فرنسا بحيث كان كونت بولوني لاتخاذ العرش أفونسو تنازل فوراً عن ممتلكاته الفرنسية وسار إلى البرتغال.
المنفى ونهايته
سانشو الثاني تم عزله من العرش في 1247 و فر إلى المنفى في طليطلة حيث توفي في 4 يناير1248.
.svg){kind=small}
.svg)
