لعب خوسيه ماري باكيرو خلال مسيرته الاحترافية مع 3 أندية في ثمانية عشر موسمًا وسجل خلالها 142 هدف ضمن 500 مباراة. حيث فاز في ثلاثة مواسم بالكأس وفي ستة مواسم بالدوري.
خاض خوسيه ماري باكيرو مسيرته مع نادي ريال سوسيداد في موسم 1980–81 ليلعب معه ثمانية مواسم، مشاركًا في 223 مباراة سجل خلالها 67 هدفًا. ثم انتقل إلى نادي برشلونة في موسم 1988–89 ليلعب معه تسعة مواسم، حيث شارك في 260 مباراة سجل خلالها 72 هدفًا. لينتقل بعدها إلى نادي تيبورونيس روخوس دي فيراكروز في موسم 1996–97 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 17 مباراة سجل خلالها 3 أهداف.[1]