أُنشئت الشركة في سنة 2009، ببرنامج تعاقدي بين الحكومة المغربية وشركة الخطوط الملكية المغربية بهدف توفير خطوط داخلية تربط بين مختلف المدن المغربية بأسعار منخفضة وذلك عن طريق دعم هذه الخطوط من طرف الحكومة المغربية والمساهمة في اقتناء الطائرات وإعفاء كل الخطوط الداخلية من رسوم المطارات.[1]
في يونيو 2019، افتتحت الخطوط الملكية المغربية إكسبريس قاعدة جوية لها بمطار العيون الحسن الأول، وقامت بإضافة خطوط جوية جديدة من العيون إلى كلميم، ومراكش، وزيادة عدد الرحلات الجوية بين العيون، وأكادير، والداخلة، ولاس بالماس. لكن في عام 2020، تم إلغاء هذه القاعدة الجوية بسبب كوفيد 19، وتم الإبقاء على الرحلات الداخلية بين العيون والدار البيضاء، والرحلات الدولية بين العيون ولاس بالماس.[2]