تتلخص اختصاصات الأمانة العامة في إعداد الدراسة الخاصة بالتعاون والتنسيق والخطط والبرامج المتكاملة للعمل المشترك، وإعداد تقارير دورية عن أعمال المجلس ومتابعة تنفيذ القرارات، وإعداد التقارير والدراسات التي يطلبها المجلس الأعلى أو المجلس الوزاري، والتحضير للاجتماعات وإعداد جدول أعمال المجلس الوزاري ومشروعات القرارات، وغير ذلك من المهام النظام الأساسي.[1]
التنظيم الإداري
يتالف الجهاز الإداري للأمانة العامة من الاّتي:
أمين عام يعينه المجلس الأعلى لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة .
عشرة أمناء مساعدين للشوؤن السياسية والاقتصادية والعسكرية والأمنية والإنسان والبيئة والقانونية والإعلام والثقافة والمعلومات والمالية والإدارية والحوار الاستراتيجي والمفاوضات بالإضافة إلى رئيس بعثة مجلس التعاون لدول الخليج العربية في بروكسل، ورئيس بعثة مجلس التعاون في الأمم المتحدة، ويعينهم المجلس الوزاري بترشيح من الأمين العام لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد .
مدراء عامو قطاعات الأمانة العامة وبقية الموظفين، ويتم تعيينهم من قبل الأمين العام .
ويتمثل التنظيم الإداري للأمانة العامة في عدد من القطاعات المتخصصة والمساندة هي الشؤون السياسية والشؤون الاقتصادية والشؤون العسكرية والشؤون الأمنية وشؤون الإنسان والبيئة والشؤون القانونية والشؤون المالية والإدارية وشؤون المعلومات والحوار الاستراتيجي والمفاوضات ومكتب براءات الاختراع ومكتب الأمانة الفنية لمكافحة الإغراق، يضاف إلى ذلك ممثلية مجلس التعاون لدى الإتحاد الأوروبي في بروكسل، وبعثة مجلس التعاون لدى الأمم المتحدة، والمكتب الفني للاتصالات بمملكة البحرين، و مكتب الهيئة الاستشارية بسلطنة عمان .