Karier profesionalnya dimulai bersama klub Dinamo Zagreb. Ia memainkan peranan yang besar memenangkan tim Yugoslavia pada kejuaraan Piala Dunia Junior tahun 1987. Walau pada akhirnya ia menjadi pemain untuk tim nasional Kroasia menyusul terjadinya perpecahan di Negara Federasi Yugoslavia.
Pada tahun 1991, Boban pindah ke klub A.S. Bari, tetapi ia hanya bertahan setahun di sana karena Milan merekrutnya pada musim berikutnya. Ia bermain bersama Milan selama 9 musim kompetisi dan menikmati kesuksesan bersama klub itu. Ia membantu Milan merebut titel Liga Champions pada tahun 1994 dan menjadi runner up pada tahun berikutnya. Bersama Milan juga ia telah memenangkan 4 titel juara Serie A. Pada tahun 2001 setelah perannya di Milan digantikan oleh Rui Costa, ia bermain untuk Celta Vigo dengan status pemain pinjaman selama 1 tahun dan memutuskan untuk pensiun sebagai pemain pada tahun 2002.
Boban memainkan peranan yang sangat penting untuk tim nasional Kroasia saat merebut posisi ketiga pada Piala Dunia tahun 1998 di Prancis. Di kompetisi itu dan juga Piala Eropa tahun 1996, ia menjadi kaptenkesebelasan Kroasia. Bersama tim nasional ia telah bermain sebanyak 51 kali pada rentang waktu 1990 sampai dengan 1999 dengan total gol yang ia cetak sebanyak 12.
Sejak pensiun sebagai pemain sepak bola, ia menamatkan kuliahnya di Universitas Zagreb. Ia juga bekerja sebagai pembicara untuk acara olahraga di sebuah stasiun TV Kroasia bernama "RTL Televizija" dan statiun TV ItaliaSky Italia.
