Setelah Yagan memimpin sejumlah perampokan di kawasan pedesaan (termasuk membunuh para penetap pendatang berkulit putih), pihak pemerintah menawarkan hadiah uang bagi yang bisa menangkap Yagan, baik dalam keadaan hidup maupun mati. Seorang warga pendatang berhasil menembak dan membunuhnya. Dalam cerita rakyatAustralia Barat, eksekusi Yagan melambangkan perlakuan para pendatang kolonial terhadap warga pribumi yang tak adil dan kadang-kadang kejam. Terkenal di seluruh Australia, Yagan merupakan salah seorang pahlawan bagi orang-orang Noongar.
Kepala Yagan dipenggal supaya dapat ditukar dengan hadiah uang yang ditawarkan pemerintah. Seorang pejabat pemerintah lalu membawa kepala Yagan ke London, Inggris dan kepala tersebut kemudian dipamerkan sebagai suatu "objek antropologi yang menarik". Kepala Yagan lalu disimpan selama seabad lebih sebelum kemudian dikuburkan di Liverpool pada tahun 1964.[1] Selama bertahun-tahun suku Noongar meminta pengembalian kepala tersebut, untuk sebab keagamaan dan karena status Yagan yang penting dalam kebudayaan Noongar. Pada tahun 1993 akhirnya letak kuburannya ditemukan dan empat tahun kemudian kepala Yagan dikeluarkan dan dikembalikan ke Australia. Sejak itu warga Perth berdebat mengenai cara terbaik untuk memperlakukan kepala Yagan dengan hormat, dan pada Juli 2010 akhirnya kepala Yagan dikubur dalam suatu upacara tradisional di Australia Barat, 177 tahun setelah kematiannya.
Potret Yagan karya George Cruikshank. Lukisan ini dibuat berdasarkan pengamatan terhadap kepala Yagan yang terpenggal, yang telah mengecil banyak akibat diawetkan dengan pengasapan. Menurut George Fletcher Moore, lukisan ini tidak mirip dengan Yagan saat ia masih hidup. Kala itu, Yagan "gemuk dan tampak besar dan tegap."
