Gereja Santo Tomas (bahasa Prancis: Église Saint-Thomas, bahasa Jerman: Thomaskirche) adalah sebuah bangunan sejarah di Strasbourg, timur Prancis. Gereja tersebut adalah gereja Lutheran pertama di kota tersebut sejak Katedralnya kembali dipakai Gereja Katolik setelah aneksasi kota tersebut oleh Prancis pada 1681.