Pada tahun 1995 hingga 2001, tim wanita Flamengo berkompetisi di Campeonato Carioca (liga negara bagian) bersama tim-tim wanita lainnya seperti Vasco da Gama, Botafogo, dan Fluminense. Tim ini tidak memenangkan gelar apapun. Pada tahun 2002, ketika Campeonato Carioca tidak diselenggarakan, Flamengo membubarkan tim wanita mereka.
Pada tahun 2011, tim wanita Flamengo dibentuk kembali dengan kerja sama antara klub dan pemerintah kota di kawasan São Paulo, Guarujá. Beberapa pemain dari tim nasional wanita Brasil berhasil direkrut oleh klub.
Pada 10 Juli 2015, untuk memperingati 120 tahun Flamengo, Walter D'Agostino, bagian dari manajemen Flamengo, mengumumkan bahwa tim wanita akan bekerja sama dengan Angkatan Laut Brasil untuk mengikuti kompetisi nasional. Tujuannya adalah untuk mempersiapkan tim dalam rangka mengikuti Pesta Olahraga Militer Dunia 2015 di Korea Selatan.[2]
Di tahun pertama setelah pembentukan ulang, tim ini menjuarai Campeonato Carioca musim 2015. Di kompetisi itu, mereka mendapatkan sepuluh kemenangan dari sebelas pertandingan. Satu-satunya kekalahan didapatkan dengan walk-out karena menolak bermain di kondisi lapangan yang buruk saat mereka bertandang.