Sir Charles Wyville ThomsonFRSEFRSFLSFGSFZS (5 Maret 1830 – 10 Februari 1882) adalah seorang sejaawan alam dan pakar zoologi kelautan asal Skotlandia. Ia menjabat sebagai kepala ilmuwan dalam ekspedisi Challenger; karyanya merevolusionisasikan oseanografi dan membuatnya diangkat menjadi kesatria.