Babak gugur Piala Dunia Wanita FIFA 1999 adalah babak kedua dan terakhir putaran final Piala Dunia Wanita FIFA 1999, setelah sebelumnya 8 tim peserta melaju dari babak grup. Babak ini menggunakan sistem gugur dengan terdiri atas perempat final, semifinal, perebutan tempat ketiga, dan pertandingan final. Amerika Serikat menjuarai turnamen setelah mengalahkan Tiongkok pada pertandingan final, sementara Brasil meraih juara ketiga setelah mengalahkan Norwegia pada pertandingan perebutan tempat ketiga.
Dalam seluruh pertandingan pada babak ini, jika skor kedua tim imbang sampai akhir 90 menit waktu pertandingan, maka akan dilanjutkan dengan perpanjangan waktu dengan durasi 2×15 menit, dengan sistem gol emas. Jika skor kembali imbang setelah perpanjangan waktu, maka dilaksanakan adu penalti.
Assistant referees: Ghislaine Labbe (France) Ana Pérez (Peru) Fourth official: Katriina Elovirta (Finlandia)