Babak gugur Liga Champions UEFA 2006–2007 dimulai pada tanggal 20 Februari 2007 dan berpuncak dengan pertandingan final di Olympic Stadium di Athena pada tanggal 23 Mei 2007.
Waktunya adalah CET/CEST,[N 1] seperti yang tercantum oleh UEFA (waktu setempat ada dalam tanda kurung).
Pengundian babak gugur dilakukan pada tanggal 15 Desember 2006 dan melibatkan masing-masing dua tim teratas dari masing-masing grup di babak grup. Juara masing-masing grup dipasangkan dengan runner-up grup lain.
Setiap babak gugur terdiri dari pertandingan dua leg, kandang dan tandang, di mana tim dengan skor agregat lebih tinggi maju ke babak berikutnya, kecuali babak final, yang dimainkan hanya dalam satu pertandingan di tempat netral. Jika skor agregat kedua tim sama, tim yang mencetak lebih banyak gol pada pertandingan tandangnya akan melaju ke babak berikutnya, dengan perpanjangan waktu dan adu penalti digunakan jika hasil imbang masih imbang.
Chelsea menang agregat 3–2.
Agregat 2–2; Liverpool menang gol tandang.
Roma menang agregat 2–0.
Agregat 2–2; Valencia menang gol tandang.
PSV Eindhoven menang agregat 2–1.
Agregat 4–4; Bayern Munich menang gol tandang.
Manchester United menang agregat 2–0.
Milan menang agregat 1–0.
Manchester United menang agregat 8–3.
Milan menang agregat 4–2.
Liverpool menang agregat 4–0.
Agregat 1–1; Liverpool menang adu penalti.
Milan menang agregat 5–3.
Milan v Liverpool